Analyse de données issues de la Biologie

par Laurent Jacob et Laurent Modolo

jeudi 10 févr. 2022, 09:00 → 11:00 Europe/Paris

Salle Fokko du Cloux, bâtiment Braconnier (Lyon 1 La doua)

Laurent Modolo de 9h à 10h Analyse de données génomiques au Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule

Les recherches du LBMC visent à caractériser les bases moléculaires du fonctionnement normal et pathologique des cellules. Les équipes utilisent des approches quantitatives pour étudier différents aspects de la vie cellulaire. Ces approches génèrent données spécialement distribuées en 1D ou 2D qu'il faut ensuite analyser. Cette présentation vise à faire un tour d'horizon de ces différents types de données ainsi que des problématiques associées.

Laurent Jacob de 10h à 11h Using connected subgraphs of the De Bruijn graph as variants in bacterial GWAS

Genome wide association studies (GWAS) aim at finding genetic variants associated with a trait. When dealing with bacterial genomes one often relies on k-mers, whose presence in a genome can denote variants ranging from SNPs to mobile genetic elements. However, many k-mers can sometimes represent the same gene, leading to diluted effects. Here we propose to build more flexible variants by testing closed connected subgraphs of the De Bruijn graph defined over genomic k-mers. We show how to overcome the computational and statistical issues arising when testing so many elements by using Tarone's trick and a reverse search strategy.

 

https://univ-lyon1.webex.com/univ-lyon1/j.php?MTID=mb77a1b17386db8ce8e69a948c755a595