La quantification des incertitudes lors d'une étude de sûreté peut être réalisée en modélisant les paramètres d'entrée du système physique par des variables aléatoires. Afin de propager les incertitudes affectant les entrées, un modèle de simulation numérique reproduisant la physique du système est exécuté avec différentes combinaisons des paramètres d'entrée, générées suivant leur loi de probabilité jointe. Il est alors possible d'étudier la variabilité de la sortie du code, ou d'estimer certaines quantités d'intérêt spécifiques. Le code étant considéré comme une boîte noire déterministe, la quantité d'intérêt dépend uniquement du choix de la loi de probabilité des entrées. Toutefois, cette distribution de probabilité est elle-même incertaine. En général, elle est choisie grâce aux avis d'experts, qui sont subjectifs et parfois contradictoires, mais aussi grâce à des données expérimentales souvent en nombre insuffisant et entachées d'erreurs. Cette variabilité dans le choix de la distribution se propage jusqu'à la quantité d'intérêt. Cette thèse traite de la prise en compte de cette incertitude dite de deuxième niveau. L'approche proposée, connue sous le nom d'Optimal Uncertainty Quantification (OUQ) consiste à évaluer des bornes sur la quantité d'intérêt. De ce fait on ne considère plus une distribution fixée, mais un ensemble de mesures de probabilité sous contraintes de moments sur lequel la quantité d'intérêt est optimisée. Après avoir exposé des résultats théoriques visant à réduire l'optimisation de la quantité d'intérêt aux point extrémaux de l'espace de mesures de probabilité, nous présentons différentes quantités d'intérêt vérifiant les hypothèses du problème. Cette thèse illustre l'ensemble de la méthodologie sur plusieurs cas d'applications, l'un d'eux étant un cas réel étudiant l'évolution de la température de gaine du combustible nucléaire en cas de perte du réfrigérant.