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Rencontres Statistiques Lyonnaises

Modélisation d'interactions spatiales en génomique avec le modèle de Hawkes

by Anna Bonnet (LBBE, Université Lyon 1)

vendredi 15 juin 2018 de au (Europe/Paris)
at Braconnier ( Fokko du Cloux )
Description
Les nouvelles technologies de séquençage permettent désormais d’étudier le fonctionnement des génomes à une résolution jamais atteinte. La disponibilité des génomes complets a notamment permis la localisation d’éléments régulateurs du génome : cette information spatiale s’avère fondamentale pour étudier des processus intrinsèquement spatiaux comme la réplication du génome. Un des principaux défis réside désormais dans le traitement de ces données en masse, afin d’en extraire les connaissances permettant de mieux comprendre le fonctionnement global de la régulation des génomes. L’objectif est de développer un cadre statistique permettant de modéliser les interactions spatiales entre éléments localisés sur le génome.
Le cadre que nous proposons repose sur les modèles de processus ponctuels, et plus précisément sur le modèle de Hawkes multivarié. Chaque processus ponctuel modélise les occurrences d’éléments potentiellement régulateurs du génome, dont l’intensité est définie en fonction des occurrences des autres processus du modèle à l’aide de fonctions d’interactions à estimer. La modélisation par processus ponctuels pour les données de génomique est originale et a peu été étudiée pour analyser des données de séquençage. Je présenterai l'avantage de cette modélisation et les résultats obtenus pour différentes applications en génomique.