Description : La formation a pour but de vous familiariser avec les grandes étapes d’analyse de données single-cell RNA-seq et de les mettre en application à l’aide du package Seurat. Rem: cette formation est aussi une bonne base pour l’étude des données de Spatial Transcriptomics
Objectifs : A la fin de la formation, vous serez capable de mener une analyse de données single-cell RNA-seq avec Seurat.
Mots-clés : single-cell RNA-seq, clustering, marker genes, integration, Seurat
Notions abordées :
- Construction de l’objet Seurat
- Les grandes étapes du pipeline d’analyse de données single-cell RNA-seq
- Leur mise en application avec Seurat
Pré-requis : Avoir des bases de programmation avec R
Les participants doivent venir avec leur ordinateur portable avec RStudio et R installés ainsi que la librairie Seurat.
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